After Macholán, 2001, and Auffray, Orth, Catalan, Gonzales, Desmarais & Bonhomme, 2003, with Recent species from Nowak, 1991, and “Biology Daily – The Biology Encyclopedia”

<==o Mus Linnaeus, 1758 [taxonomic history] (mice; hiiret) [38]
   |--o (Nannomys) Peters, 1876 [16 sp.]
   |  |-- M. (N.) baoulei
   |  |-- M. (N.) bufo
   |  |-- M. (N.) callewaerti
   |  |-- M. (N.) goundae
   |  |?- M. (N.) gratus
   |  |-- M. (N.) haussa
   |  |-- M. (N.) indutus
   |  |-- M. (N.) kasaicus
   |  |-- M. (N.) mahomet
   |  |-- M. (N.) mattheyi
   |  |-- M. (N.) minutoides Smith, 1834 (kääpiöhiiri)
   |  |-- M. (N.) musculoides Temminck, 1853
   |  |-- M. (N.) neavei
   |  |-- M. (N.) orangiae
   |  |-- M. (N.) oubanguii
   |  |-- M. (N.) setzeri
   |  |-- M. (N.) sorella
   |  |-- M. (N.) setulosus Peters, 1876
   |  |-- M. (N.) tenellus
   |  `-- M. (N.) triton (isokääpiöhiiri)
   `--+--o (Pyromys) Thomas, 1911 [4 sp.]
      |  |-- M. (P.) fernandoni
      |  |-- M. (P.) phillipsi
      |  |-- M. (P.) platythrix
      |  |-- M. (P.) saxicola
      |  `-- M. (P.) shortridgei
      `--+--o (Coelomys) Thomas, 1915 [4 sp.]
         |  |-- M. (C.) crociduroides
         |  |-- M. (C.) mayori
         |  |-- M. (C.) pahari
         |  `-- M. (C.) vulcani
         `--o (Mus) Linnaeus, 1758 [11 sp.]
            |?- M. (M.) famulus [M. (Coelomys) famulus]
            |--o “Leggada” -group
            |  |--o M. (M.) booduga Gray, 1837
            |  |  |-- M. (M.) b. booduga Gray, 1837
            |  |  `-- M. (M.) b. lepidoides
            |  `-- M. (M.) terricolor Blyth, 1834 [M. dunni]
            `--+--+-- M. (M.) cookii Ryley, 1814
               |  `--+-- M. (M.) caroli Bonhote, 1902
               |     `--o M. (M.) cervicolor Hodgson, 1845
               |        |-- M. (M.) c. cervicolor Hodgson, 1845
               |        `-- M. (M.) c. popaeus (Thomas, 1919) [Leggada nitidula popaea Thomas, 1919]
               `--+-- M. (M.) fragilicauda Auffray, Orth, Catalan, Gonzales, Desmarais & Bonhomme, 2003
                  `--+--o M. (M.) musculus Linnaeus, 1758 (common mice; kotihiiri)
                     |  |-- M. (M.) m. bactrianus (southwestern Asian house mouse)
                     |  |-- M. (M.) m. castaneus (southeastern Asian house mouse)
                     |  |-- M. (M.) m. domesticus (western European house mouse)
                     |  |-- M. (M.) m. gentilulus
                     |  |-- M. (M.) m. homourus
                     |  |-- M. (M.) m. molossinus
                     |  |-- M. (M.) m. musculus (eastern European house mouse)
                     |  |-- M. (M.) m. praetextus
                     |  `-- M. (M.) m. wagneri
                     `--+-- M. (M.) spretus Lataste, 1883
                        `--+-- M. (M.) spicilegus Petenyi, 1882
                           `-- M. (M.) macedonicus Petrov & Ruzic, 1983tenyi, 1882

Reference(s):