After Nowak, 1991

<==o Pteropus ()?
   |?- P. brunneus ()?
   |?- P. faunulus ()?
   |?- P. pselaphon ()?
   |?- P. sanctacrucis ()?
   |--o [P. subniger -superspecies] ()?
   |  |-- P. hypomelanus ()?
   |  |-- P. speciosus ()?
   |  |-- P. griseus (harmaalentäväkoira)
   |  |-- P. mearnsi ()?
   |  |-- P. pumilus ()?
   |  |-- P. admiralitatum ()?
   |  |-- P. howensis ()?
   |  |-- P. ornatus ()?
   |  |-- P. auratus ()?
   |  |-- P. dasymallus ()?
   |  `-- †P. subniger ()?
   |--o [P. mariannus -superspecies]()?
   |  |-- P. pelewensis ()?
   |  |-- P. yapensis ()?
   |  |-- P. ualanus ()?
   |  |-- P. mariannus (mariaanienlentäväkoira)
   |  |-- P. vanikorensis ()?
   |  `-- P. tonganus ()?
   |--o [P. caniceps -superspecies] ()?
   |  |-- P. caniceps ()?
   |  `-- P. argentatus ()?
   |--o [P. rufus -superspecies] ()?
   |  |-- P. rufus (madagaskarinlentäväkoira)
   |  |--o P. seychellensis (seychellienlentäväkoira)
   |  |  `-- P. s. aldabrensis ()?
   |  |-- P. voeltzkowi ()?
   |  `-- P. niger ()?
   |--o [P. melanotus -superspecies] ()?
   |  `-- P. melanotus ()?
   |--o [P. melanopogon -superspecies] ()?
   |  |-- P. melanopogon ()?
   |  `-- P. livingstonii (comoronlentäväkoira)
   |--o [P. rayneri -superspecies] ()?
   |  |-- P. rayneri ()?
   |  |-- P. chrysoproctus ()?
   |  `-- P. fundatus ()?
   |--o [P. lombocensis -superspecies]
   |  |-- P. lombocensis ()?
   |  |-- P. rodricensis (rodriquezinlentäväkoira)
   |  `-- P. molossinus ()?
   |--o [P. samoensis -superspecies>]
   |  |--o P. samoensis (samoanlentäväkoira)
   |  |  `--  P. s. samoensis ()?
   |  `--o P. anetianus ()?
   |--o [P. vetulus -superspecies]
   |  |-- P. vetulus ()?
   |  |-- P. insularis ()?
   |  |-- P. phaeocephalus ()?
   |  |-- [†]P. tokudae (guaminlentäväkoira)
   |  |-- †P. pilosus (palaunlentäväkoira)
   |  |-- P. tuberculatus ()?
   |  |-- P. nitendiensis ()?
   |  `-- P. leucopterus ()?
   |--o [P. temmincki -superspecies]
   |  |-- P. temmincki ()?
   |  `-- P. personatus (naamarilentäväkoira)
   |--o [P. vampyrus -superspecies]
   |  |-- P. giganteus (intianlentäväkoira)
   |  |-- P. lylei ()?
   |  `-- P. vampyrus (isolentäväkoira)
   |--o [P. alecto -superspecies]
   |  `-- P. alecto (mustalentäväkoira)
   |--o [P. conspicillatus -superspecies]
   |  |-- P. conspicillatus (silmälasilentäväkoira)
   |  `-- P. ocularis ()?
   |--o [P. neohibernicus -superspecies]
   |  `-- P. neohibernicus ()?
   |--o [P. macrotis -superspecies]
   |  |-- P. macrotis (suurikorvalentäväkoira)
   |  |-- P. poliocephalus (harmaapäälentäväkoira)
   |  `-- P. pohlei ()?
   `--o [P. scapulatus -superspecies]
      |-- P. scapulatus ()?
      |-- P. woodfordi ()?
      |-- P. mahaganus ()?
      `-- P. gilliardi ()?

Reference(s):