After McKenna & Bell, 1997, with Recent species from Nowak, 1991

<==o Pteropodini Gray, 1821
   |--o Rousettina Andersen, 1912
   |  |--o Eidolon
   |  |  |-- E. helvum (keltahedelmälepakko)
   |  |  `-- ?E. dupreanum
   |  `--+--o Rousettus
   |     |  |-- R. aegyptiacus (Geoffroy, 1810)
   |     |  |-- R. obliviosus
   |     |  |-- R. amplexicaudatus
   |     |  |-- R. spinalatus
   |     |  |-- R. leschenaulti
   |     |  |-- R. seminudus
   |     |  |-- R. lanosus
   |     |  |-- R. celebensis (celebesinkoirankuonolepakko)
   |     |  |-- R. angolensis
   |     |  `-- ?R. madagascariensis
   |     `--+-- Boneia bidens
   |        `--o Myonycteris
   |           |-- M. torquata
   |           |-- M. relicta
   |           `-- M. brachycephala
   `--+--o Dobsoniina Andersen, 1912
      |  |-- Aproteles bulmerae
      |  `--o Dobsonia (paljasselkälepakot)
      |     |-- D. peronii
      |     |-- D. viridis
      |     |-- D. crenulata[ssp.=>D. viridis?]
      |     |-- D. beauforti
      |     |-- D. praedatrix
      |     |-- D. inermis
      |     |-- D. moluccensis (isopaljasselkälepakko)
      |     |-- D. magna [ssp.=>D. moluccensis?]
      |     |-- D. emersa
      |     |-- D. anderseni [ssp.=>D. moluccensis?]
      |     |-- D. pannietensis [ssp.=>D. moluccensis?]
      |     |-- D. remota [ssp.=>D. moluccensis?]
      |     |-- †D. chapmani ?(filippiinienpaljasselkälepakko)
      |     |-- D. exoleta (celebesinpaljasselkälepakko)
      |     `-- D. minor
      `--o Pteropodina Gray, 1821
         |-- Pteropus
         `--+--o Acerodon 
            |  |-- A. celebensis (celebesinhedelmälepakko)
            |  |-- A. mackloti
            |  |-- A. humilis
            |  |-- A. jubatus
            |  |-- A. leucotis
            |  `-- †A. lucifer
            `--+--o Pteralopex
               |  |-- P. anceps
               |  |-- P. atrata
               |  `-- P. acrodonta
               `--+-- Styloctenium wallacei (viirunaamahedelmälepakko)
                  `-- Neopteryx frosti (pienihammashedelmälepakko)

Reference(s):