After Nelson, 1994, with Recent species from Froese & Pauly, 2001 [“The Fishbase”]

<==o Gobionellinae [N: 56 genera]
   |--o Acanthogobius [4]
   |  |-- A. flavimanus (Temminck & Schlegel, 1845) (Yellowfin goby)
   |  |-- A. hasta (Temminck & Schlegel, 1845)
   |  |-- A. lactipes (Hilgendorf, 1879)
   |  `-- A. luridus Ni & Wu, 1985
   |--o Astrabe [3]
   |  |-- A. fasciata Akihito & Meguro, 1988
   |  |-- A. flavimaculata Akihito & Meguro, 1988
   |  `-- A. lactisella Jordan & Snyder, 1901
   |--o Brachygobius [8]
   |  |-- B. aggregatus Herre, 1940 (Schooling bumblebee goby)
   |  |-- B. doriae (Günther, 1868)
   |  |-- B. kabiliensis Inger, 1958 (Kabili bumblebee goby)
   |  |-- B. mekongensis Larson & (Vidthayanon, 2000)
   |  |-- B. nunus (Hamilton, 1822)
   |  |-- B. sabanus Inger, 1958
   |  |-- B. sua (Smith, 1931) (Bumblebee goby)
   |  `-- B. xanthomelas Herre, 1937
   |--o Chasmichthys [2]
   |  |-- C. dolichognathus (Hilgendorf, 1879)
   |  `-- C. gulosus (Sauvage, 1882)
   |-- Clevelandia ios (Jordan & Gilbert, 1882) (Arrow goby)
   |-- Eucyclogobius newberryi (Girard, 1856) (Tidewater goby)
   |--o Evorthodus [2]
   |  |-- E. lyricus (Girard, 1858) (Lyre goby)
   |  `-- E. minutus Meek & Hildebrand, 1928
   |--o Gillichthys [2]
   |  |-- G. mirabilis Cooper, 1864 (Longjaw mudsucker)
   |  `-- G. seta (Ginsburg, 1938)
   |--o Gnatholepis [7]
   |  |-- G. anjerensis (Bleeker, 1851)
   |  |-- G. cauerensis (Bleeker, 1853) (Eyebar goby)
   |  |-- G. deltoides (Seale, 1901)
   |  |-- G. inconsequens Whitley, 1958
   |  |-- G. scapulostigma Herre, 1953 (Shoulderspot goby)
   |  |-- G. thompsoni Jordan, 1904 (Goldspot goby)
   |  `-- G. volcanus Herre, 1927
   |--o Gobionellus [17]
   |  |-- G. atripinnis Gilbert & Randall, 1979 (Blackfin goby)
   |  |-- G. boleosoma (Jordan & Gilbert, 1882) (Darter goby)
   |  |-- G. comma Gilbert & Randall, 1979 (Comma goby)
   |  |-- G. daguae (Eigenmann, 1918)
   |  |-- G. liolepis (Meek & Hildebrand, 1928)
   |  |-- G. microdon (Gilbert, 1892) (Estuary goby)
   |  |-- G. munizi Vergara R., 1978
   |  |-- G. occidentalis (Boulenger, 1909)
   |  |-- G. oceanicus (Pallas, 1770) (Highfin goby)
   |  |-- G. phenacus Pezold & Gilbert, 1987 (Impostor goby)
   |  |-- G. saepepallens Gilbert & Randall, 1968 (Dash goby)
   |  |-- G. shufeldti (Jordan & Eigenmann, 1887) (American freshwater goby)
   |  |-- G. stigmalophius Mead & Böhlke, 1958 (Spotfin goby)
   |  |-- G. stigmaticus (Poey, 1860) (Marked goby
   |  |-- G. stigmaturus (Goode & Bean, 1882) (Spottail goby)
   |  |-- G. stomatus Starks, 1913
   |  `-- G. thoropsis Pezold & Gilbert, 1987 (Sperm goby)
   |--o Gobiopterus [6]
   |  |-- G. brachypterus (Bleeker, 1855)
   |  |-- G. chuno (Hamilton, 1822)
   |  |-- G. lacustris (Herre, 1927) (Lacustrine goby)
   |  |-- G. macrolepis Cheng, 1965
   |  |-- G. semivestita (Munro, 1949)
   |  `-- G. stellatus (Herre, 1927)
   |-- Ilypnus gilberti (Eigenmann & Eigenmann, 1889) (Cheekspot goby)
   |--o Lepidogobius Mioc. R. NA. [1 Recent species]
   |  `-- L. lepidus (Girard, 1858) (Bay goby)
   |-- Lethops connectens Hubbs, 1926 [Lethrops] (Halfblind goby)
   |?- Lophiogobius
   |-- Mistichthys luzonensis Smith, 1902
   |-- Mugilogobius [23]
   |-- Neogobius [17]
   |--o Pandaka [4]
   |  |-- P. lidwilli (McCulloch, 1917)
   |  |-- P. pygmaea Herre, 1927 (Dwarf pygmy goby)
   |  |?- P. pandaka (kääpiötokko)
   |  |-- P. silvana (Barnard, 1943) (Dwarfgoby)
   |  `-- P. trimaculata Akihito & Meguro, 1975
   |-- Quietula y-cauda (Jenkins & Evermann, 1889) (American shadow goby)
   |-- Rhinogobius [26]
   |--o Stigmatogobius [5]
   |  |-- S. borneensis (Bleeker, 1851)
   |  |-- S. brocki (Herre, 1936)
   |  |-- S. minima (Hora, 1923)
   |  |-- S. pleurostigma (Bleeker, 1849)
   |  `-- S. sadanundio (Hamilton, 1822)
   |--o Tridentiger [7]
   |  |-- T. barbatus (Günther, 1861)
   |  |-- T. bifasciatus Steindachner, 1881
   |  |-- T. brevispinis Katsuyama, Arai & Nakamura, 1972
   |  |-- T. kuroiwae Jordan & Tanaka, 1927
   |  |-- T. nudicervicus Tomiyama, 1934
   |  |-- T. obscurus (Temminck & Schlegel, 1845) (Dusky tripletooth goby)
   |  `-- T. trigonocephalus (Gill, 1859) (Chameleon goby)
   |-- Typhlogobius californiensis Steindachner, 1879 (Blind goby)
   `== other 31 genera

Reference(s):