Jokaisen uuden muuntogeenisen eläinkannan luominen kaikkine siihen liittyvine toimenpiteineen katsotaan tieteelliseksi eläinkokeeksi, jonka saa tehdä vain lääninhallituksen antamalla luvalla. (Huomattava osa tilastolukujen 'gm-eläinkokeista' koostuukin vain tavallisesta eläinten lisäämisestä ja risteyttämisestä). Myös sellaisen eläinkannan ylläpitäminen, jossa geenimuunnoksesta aiheutuu eläimille haittaa, on luvanvaraista.
Kun eläinten geenitoiminta ja sen säätely tunnetaan tarpeeksi hyvin, osa nykyisistä tutkimustyössä vaadittavista eläinkokeista voidaan todennäköisesti korvata solu- ja solukkoviljelyyn perustuvilla kokeilla.
Muuntogeenisiä koe-eläimiä koskevat muun muassa geenitekniikkalaki, eläinsuojelulaki (247/96), asetus koe-eläintoiminnasta (1976/1985), sekä asetus kokeellisiin ja muihin tieteellisiin tarkoituksiin käytettävien selkärankaisten eläinten suojelemiseksi tehdyn eurooppalaisen yleissopimuksen voimaansaattamisesta (1360/90).