After McKenna & Bell, 1997, with Recent species from Nowak, 1991

<==o Thomasomyini Steadman & Ray, 1982
   |--o †Megaoryzomys Lenglet & Coppois, 1979; L.Pleist.-R., Pac.
   |  |-- †M. curioi (galapagoksenjättirotta) [Isla Santa Cruz]
   |  `-- †M. sp. [Isla Isabela]
   |-- Chilomys instans Thomas, 1897; R. SA. (kolumbianmetsähiiri)
   |-- Abrawayaomys ruschii Cunha & Cruz, 1979; R. SA. (brasilianpiikkirotta)
   |--o Delomys Thomas, 1917; Pleist.-R. SA.
   |  |-- D. dorsalis
   |  `-- D. sublineatus
   |--o Thomasomys Coues, 1884 [incl. Erioryzomys Bangs, 1900; Inomys Thomas, 1917] R. SA.
   |  |?- T. eleusis
   |  |?- T. niveipes
   |  |?- T. silvestris
   |  |-- T. aureus
   |  |-- T. laniger
   |  |-- T. monochromos
   |  |-- T. baeops
   |  |-- T. kalinowskii
   |  |-- T. vestitus
   |  |-- T. hylophilus
   |  |-- T. bombycinus
   |  |-- T. cinereiventer
   |  |-- T. rhoadsi
   |  |-- T. cinereus
   |  |-- T. ischyurus
   |  |-- T. gracilis
   |  |-- T. pyrrhonotus
   |  |-- T. paramorum
   |  |-- T. oreas
   |  |-- T. rosalinda
   |  |-- T. taczanowskii
   |  |-- T. notatus
   |  |-- T. daphne
   |  |-- T. ladewi
   |  |-- T. incanus
   |  |-- T. dorsalis
   |  |-- T. pictipes
   |  `-- T. oenax
   |--o Wilfredomys Avila Pires, 1960; R. SA.
   |  |-- W. oenax
   |  `-- W. pictipes
   |--o Aepeomys Thomas, 1898; R. SA.
   |  `-- A. lugens
   |-- Phaenomys ferrugineus Thomas, 1917; R. SA.
   `--o Rhipidomys Tschudi, 1844 (Winge, 1888) [Hesperomys (Rhipidomys) Tschudi, 1844] Pleist.-R. SA., R. CA. (Climbing mice)
      |?- R. austrinus
      |?- R. caucensis
      |?- R. nitela
      |?- R. ochrogaster
      |?- R. wetzeli
      |--+-- R. latimanus
      |  |?- R. fulviventer [ssp. => R.latimanus]
      |  `?- R. venustus [ssp. => R.latimanus]
      |-- R. leucodactylus
      |-- R. macconnelli
      |-- R. maculipes
      |--+-- R. mastacalis
      |  `?- R. venezuelae [ssp. => R. mastacalis]
      |-- R. scandens
      `--+-- R. sclateri
         `?- R. couesi [ssp. => R. sclateri]

Reference(s):