After McKenna & Bell, 1997, with Recent species from Nowak, 1991

<==o Cynopterini
   |--o Nyctimenina  Miller, 1907 ()?
   |  |-- Paranyctimene raptor ()?
   |  `--o Nyctimene (putkikuonolepakot)
   |     |-- N. minutus (pikkuputkikuonolepakko)
   |     |-- N. albiventer ()?
   |     |-- N. draconilla ()?
   |     |-- N. robinsoni ()?
   |     |-- N. cephalotes ()?
   |     |-- N. vizcaccia ()?
   |     |-- N. masalai ()?
   |     |-- N. rabori ()?
   |     |-- N. malaitensis ()?
   |     |-- N. major (isoputkikuonolepakko)
   |     |-- N. sanctacrucis ()?
   |     |-- N. cyclotis ()?
   |     |-- N. aello ()?
   |     |-- N. celaeno ()?
   |     `-- ?N. certans ()?
   `--o Cynopterina
      |--o Cynopterus ()?
      |  |-- C. brachyotis ()?
      |  |-- C. minor ()?
      |  |-- C. archipelagus ()?
      |  |-- C. horsfieldi ()?
      |  |-- C. sphinx (lyhytkuonohedelmälepakko)
      |  |-- C. titthaecheilus ()?
      |  `-- ?C. nusatenggara ()?
      `--+--o Megaerops ()?
         |  |-- M. niphanae ()?
         |  |-- M. ecaudatus ()?
         |  |-- M. kusnotoi ()?
         |  `-- M. wetmorei ()?
         `--+--o Ptenochirus ()?
            |  |-- P. minor ()?
            |  `-- P. jagori ()?
            |-- Dyacopterus spadiceus ()?
            `--+-- Chironax melanocephalus (hattuhedelmälepakko)
               `--+--o Thoopterus nigrescens ()?
                  |  |-- T. n. nigrescens ()?
                  |  `-- T. n. latidens ()?
                  `--+-- Sphaerias blanfordi ()?
                     `--+-- Balionycteris maculata (täpläpoimuhedelmälepakko)
                        `--+-- Aethalops alecto (kääpiöhedelmälepakko)
                           `--+-- Penthetor lucasi ()?
                              `--+-- Latidens salimalii ()?
                                 `--+-- Alionycteris paucidentata ()?
                                    `--+-- Otopteropus cartilagonodus ()?
                                       `-- Haplonycteris fischeri ()?

Reference(s):