53363 Introduction to atomistic simulations / Johdatus atomistisiin simulointeihin 2008

This page is outdated. Current home page of the course is here.

Summary in English

Credits: 5 ECTS credit points, (3 study weeks in the old credit system).

Prerequisites: Programming skills in C or Fortran90/Fortran95 preferably in the Unix environment; basics of the structure of matter and thermodynamics. The course is also suited to chemists.

Contents: Visualization and animation of atomic data. Molecular dynamics simulations, which enable following the motion of a set of pointlike objects (typically but not necessarily atoms). During the course, the students get to write in a supervised manner their own molecular dynamics code, capable of simulating atom motion in simple metals. Genetic algorithm and conjugate gradient energy minimization of atomic systems. Overview of quantum mechanical and classical models of atomic interaction, and a detailed description of modern classical force models for metals, semiconductors, ionic and organic materials.

Literature: Lecture notes.

Yhteenveto suomeksi

Kurssin tarkoituksena on johdattaa opiskelija atomitasolla toimiviin fysikaalisiin simulointimenetelmiin ja antaa valmiudet kirjoittaa simulointikoodeja käytännössä. Kurssin aikana osallistujat kirjoittavat ohjatusti yksinkertaisen simulointikoodin. Opittuja koodausmenetelmiä voi käyttää hyväksi useissa muissakin yleisissä fysikaalisissa simuloinneissa. Lisäksi kurssilla esitellään viimeaikaista kehitystä simulointimenetelmissä ja atomistisissa vuorovaikutusmalleissa tarkoituksena antaa yleiskuva siitä, millaista mallia kannattaa soveltaa mihinkin ongelmaan.

Kurssin sisältö: Tietokonesimuloinnit fysiikassa, atomidatan visualisointi ja animointi, molekyylidynaamiset simulointimenetelmät, atomistisista vuorovaikutusmalleista: kvanttimekaanisten, tight-binding- ja semiempiiristen mallien käyttöalueet, geneettiset algoritmit rakenneoptimoinnissa sekä atomistisen simulointidatan vertaaminen kokeisiin.

Laajuus: 5 opintopistettä, (3 opintoviikkoa).

Fig: examples of applications

Lecturer 2008: University lecturer Antti Kuronen (email: Antti.Kuronenhelsinki.fi)

Lectures: Wed 12-14 room D116
Exercises: Fri 12-14 room D116

First lecture: Wed 3.9.2008
First exercise session: Fri 12.9.2008

Final exam: To be announced later

The course is given in English if anyone who does not know Finnish turns up.

Literature: lecture notes. As background material e.g. the books

  • Allen, Tildesley: "Computer simulation of Liquids" (Oxford University Press, Oxford, England, 1989)
  • J. von Boehm: "Molekyylidynamiikkamenetelmä" (Otatieto, Espoo, 2000)
  • A. Leach: "Molecular Modelling: Principles and Applications" (Prentice Hall, 2001)
  • may be used.

    Requisite background information: The basics of programming (in C of Fortran90/95) and the Unix environment. Basic knowledge of the structure of matter and thermodynamics.


    Course material (in PDF)

  • Lecture notes
  • Exercises
  • MD code used in the exercises (mdmorse)
  • RasMol quick reference card

  • General links elsewhere

  • Home page of 2003 course
  • Laskennallisen fysiikan erikoistumisvaihtoehto
  • A similar course at LCE, HUT.
  • Program examples from Allen-Tildesley's book 'Computer Simulation of Liquids'
  • Lecturer's home page
  • MD-animations by Kai Nordlund
  • Background information on the course

  • Modeling in Materials Science (UV, Leo Zhigilei)
  • Molecular mechanics
  • Path Integral MD, PIMD
  • Analytic Potentials and Molecular Dynamics Simulation
  • TEM and SEM principles
  • Ab Initio Molecular Dynamics: Theory and Implementation

  • Last modified: Mon Jan 20 15:15:55 EET 2014 Antti Kuronen